超过一百种原核生物已被鉴定为能够合成 PQQ 并使用 PQQ 作为酶促辅因子 。大多数为革兰氏阴性，功能范围从植物共生体（例如，根相关根际细菌）到昆虫病原体。细菌中需要 PQQ 的醇和葡萄糖脱氢酶可催化多种伯醇和仲醇的氧化以及无环萜烯的分解代谢 。葡萄糖脱氢酶 (GDH) 以膜结合和可溶性形式存在. 然而，它们的 DNA 衍生蛋白质序列不同，并且几乎没有或没有免疫交叉反应。大多数注意力都集中在位于细胞质膜周质表面的膜结合 GDH ，这对细菌呼吸、氧化代谢和生长至关重要。此外，它们的调节对氧气浓度的变化和与细胞生长相关的因素很敏感。同样重要的是要注意，一些不制造 PQQ 的生物会在可用时利用它。一个很好的例子是肠道细菌大肠杆菌( E. coli)，它具有膜结合的 PQQ 依赖性 GOH 和 NADH 依赖性 GDH。当 PQQ 可用时优先使用依赖于 PQQ 的 GDH .对于那些制造 PQQ 的细菌，PQQ 生产需要五种蛋白质基因产物，指定为 PqqA、PqqB、PqqC、PqqD 和 PqqE。pqq操纵子 PqqB、PqqC 和 PqqE中的三个基因产物是大型蛋白质超家族的成员。合成后，PQQ 接下来在具有 β-螺旋桨序列特性的结合结构域与醌酶（例如细菌葡萄糖和乙醇脱氢酶）结合。β-螺旋桨序列的特征是 4 到 8 个高度对称的叶片状 β-折叠围绕中心轴环形排列。β-螺旋桨存在于所有生命王国中。它们主要用作大分子相互作用和催化位点配体结合的支架。
其他原料PQQ 生物合成途径。PQQ 合成需要多个基因产物（指定为 PqqA、PqqB、PqqC 等）。PQQ 合成的不同寻常之处在于 PQQ 源自 PqqA 中发现的肽基酪氨酸和谷氨酸的酶促环化。谷氨酰和酪氨酰残基的环化由 PqqD 和 PqqE 催化。PqqD 是一种新型肽伴侣，它与需要 S-腺苷甲硫氨酸的自由基蛋白 Pqq E 形成三元复合物。环化步骤之后是氧化、互变异构和 PQQ 的最终蛋白水解释放。
首先在真核生物中证明了含有 PQQ 的酶 ，他们从担子菌Coprinopsis cinerea (Cc)中分离并表征了一种新型 PQQ 依赖性糖氧化还原酶。担子菌是研究真菌性别和交配类型、蘑菇发育和多细胞性必不可少的过程的模式生物。该酶是一种细胞外 PQQ 依赖性糖脱氢酶 (CcSDH)，包含细胞外分泌的信号结构域和纤维素吸附、PQQ 结合和细胞色素结合的结构域。随后，Varnai 和同事提供了类似的观察. 尽管有报道称酵母含有 PQQ，但尚未鉴定出特定的含有 PQQ 的酶。然而，正如 Matsumura 等人。强调，BLAST 搜索表明在细菌、古细菌、变形虫和真菌中存在许多编码 CcSDH 同源蛋白的基因。此外，系统发育分析表明，那些被鉴定为醌蛋白的蛋白广泛分布于原核生物和真核生物的真菌家族中。
